Belső konfliktusok és vezetői nyomás
Bár a kutatóhálózat irányító testülete hozza meg a formális határozatokat, a kormányzat nyári javaslata óta egyértelmű volt, hogy a szaktárca nem kíván a korábbi felállásban együttműködni a Gulyás Balázs vezette testülettel. A döntés meghozatala a kormányzat szerint azért vált sürgőssé, mert az átfogó szervezeti átalakítást már az új vezetés mellett kívánják végigvinni.
A miniszter az interjúban kifejtette a kormányzati elvárás hátterét: „Én remélem, hogy ez megtörténik, mert a kutató közösségnek ez az érdeke”. Hogy a két vezető megkapja-e a végkielégítését, az nem derült ki.
A kutatóhálózat megújítása mindemellett csak az egyik olyan kiemelt feladat, amellyel a minisztériumnak szembesülnie kellett, a hivatal átvétele után ugyanis több korábbi nagy állami fejlesztés elszámolása körül is szabálytalanságok bukkantak fel. A minisztérium által vizsgált projektek közül a Gondosóra program költségvetése vetette fel a legsúlyosabb kérdéseket a felhasznált állami milliárdok miatt.
